Dynamiczna sytuacja powodziowa ma odzwierciedlenie w ruchach pociągów. Do godz. 14:00 (16.09) odwołano 134 pociągi, a 167 uruchomiono w skróconych relacjach, wiele kursów notuje opóźnienia.

Według komunikatu PKP Polskich Linii Kolejowych S.A. z godziny 14:00 wstrzymany jest ruch na następujących odcinkach lokalnych: Prudnik - Nowy Świętów, Szklarska Poręba - Piechowice, stacja Głuchołazy, Jelenia Góra Zachodnia - Jelenia Góra Sobieszów, Kłodzko Główne, Nysa - Brzeg, Kobierzyce - Sobótka, Ludwikowice Kłodzkie - Głuszyca, Otmuchów - Paczków, Stacja Rębiszów, Świdnica Kraszowice - Jedlina-Zdrój, Dzierżoniów Śląski - Mościsko Dzierżoniowskie oraz Paczków - Kamieniec Ząbkowicki.

Udrożniono natomiast ruch pociągów na 12 odcinkach linii kolejowych: Jelenia Góra - Rybnica, Rybnik Niewiadom - Rydułtowy, Milicz - Zduny, Goleszów - Cieszyn, Chałupki - Racibórz, Chałupki - Wodzisław Śląski, Mizerów - Gierałtowice, Marciszów - Janowice Wielkie, Ścinawa - Chełmek Wołowski, Piwniczna - Wierchomla, Kamienna Góra - Sędzisław, Łambinowice - Nysa.

Pasażerowie są informowani na bieżąco o zmianach w komunikacji poprzez komunikaty wygłaszane na stacjach i przystankach.